「理論」という言葉には多くの意味がある。科学において、理論は2つ以上の事物（科学者はこれを「変数」と呼ぶ）の間の関係を述べたものであり、実際の観察によって検証できる。重力の理論は、物体が落下する速度、衛星が地球から一定の距離を保ちながら回転するために必要な軌道、月が関連する惑星に対して保持する位置を予測する。
この理論は厳密に検証されており、現在では衛星を打ち上げて宇宙での正確な位置を知ることができる。しかし、常にそうだったわけではない。古典時代から中世にかけて、多くの重要な思想家は、物体が地球に落下する速度はその重さにのみ依存すると考えていた。現在では、この見解が誤りであることがわかっている。真空中では、物体は同じ速度で落下し、ニュートンのおかげで、その速度を計算する式を知っている。
「理論」のもう一つの意味は、科学的なものではなく、一般的なものである。これは推測、信念、あるいは考えとして言及される。2つ以上の事物の間の検証可能な関係を述べていない。神が存在し、人間の生活に介入して結果に影響を与えるという信念は真実かもしれないが、その真実は科学的な探求によって検証することはできない。そのような検証が見つかれば、その実験を行った科学者は一夜にして英雄になるだろう。
進化は科学的な意味での理論である。絶滅した生物の遺骸を調査して、一つの種が別の種に取って代わる様子を繰り返し検証してきた。ガラパゴス諸島の鳥が世代から世代へと食料供給に遭遇するたびにくちばしの大きさを適応させる様子など、今日でも進化の例をいくつか見ることができる。
進化の理論は重力の理論ほど完全に証明されてはいない。私たちが知っていることには多くの隙間がある。しかし、私たちが学んだことすべては、今日私たちが遭遇する生物は、それらが進化した祖先を持っているという観点と一致している。この見解は、種の起源に関する唯一の科学的に擁護可能な理論であり、神が存在するという考えを何ら排除するものではない。
ビッグバンが宇宙を創造する前に何が存在したのか？死後の天国（または地獄）が私たちを待っているのか？神への信仰が私たちの人生を変えることができるのか？宗教的な科学者には神が存在し、私たちの人生に影響を与えると信じる人もいれば、神とその行動の考えを拒否する科学者もいる。例えば、アイザック・ニュートンは深く宗教的な人物であり、今日私たちがニュートンの法則と呼んでいるものを、彼は神の手によるものとしていた。一方、チャールズ・ダーウィンは、成人としての人生を真摯な信者として始め、神が動物の種を創造したという考えを放棄し、彼の非凡で今では広く受け入れられている進化の理論にその見解を置き換えた。
「インテリジェント・デザイン」と呼ばれる別の理論がある。その提唱者たちは、自然界には偶然によって生み出されたとは考えられないほど複雑なものがあると主張している。彼らはしばしばマウストラップを比喩として使用する。私たちはマウストラップのすべての部品―板、バネ、クランプを持っているかもしれないが、誰かがそれを組み立てない限り、それはマウストラップにはならない。組み立てる者が「インテリジェント・デザイナー」である。
しかし、マウストラップは自然によって作られるのではなく、人間によって製造される。それでは、自然界のどの部分がダーウィンの理論によって完全に説明できないほど複雑であるのだろうか。人間の目がそのような例の一つであると提案する人もいる。しかし、目は数十年にわたって研究され、強く進化したことを示唆する結果が得られている。最初は、古代の生物に光に敏感な板があり、それによって光の方向に向かって動くことができた。少数の動物では、これらの光に敏感な板がより正確であった。これは遺伝的な違いの結果である。今日、少数の人々だけがテッド・ウィリアムズができたように野球を見ることができるように、当時、いくつかの生物は光を検出するだけでなく、光の中で形や色を見ることができた。
そのような才能のある生物が精度を報酬とする世界で生きていたとき、彼らは繁殖し、才能のない生物は死んでいった。たぶん、才能のあるものは食物を見つけることができたり、食べられることを避けることができたりして、才能のないものはできなかった。これらの最初の遺伝的な偶然は、何百万年もの間に、いくつかの生物が非常に小さな物体を見たり、非常に遠くを見たりすることを可能にする他のものに続いた。そのような生物は、それらのことをできない他の生物よりも進化上の優位性を持っていた。
しかし、賢明なデザイナーが本当に人間の目を創造したとしたら、そのデザイナーはいくつかの大きな間違いを犯した。目には中央に盲点があり、それが見る能力を減少させる。私たちよりも鋭い視力に依存する他の生物には、この盲点がない。一部の人々は色盲であり、他の人々は小さい子供のときから眼鏡をかけなければならない。これらの変異と欠点はすべて、進化と一致している。賢明な存在によって目が設計されたという見解とは一致しない。
学校がすべきことは、進化を教え、その成功とまだ説明されていない限界の両方を強調することである。進化は、ほぼすべての科学理論と同様に、いくつかの問題を抱えている。しかし、それらは賢明なデザイナーが生命を創造したと仮定することによって解決できる種類の問題ではない。ダーウィンの批判者たちが19世紀に書き始めて以来、この理論を支持する科学的な証拠は一つも提出されていない。
もし進化が有用な（そして、これまでのところ、正しい）理論であるならば、私たちは人間の周りでそれを働いているのをまだ見るべきである。私たちは見ない。しかし、十分に長い時間枠を採用すれば、それを見ることができる。人類は約10万年間この地球上にいると信じられている。その間に、人々の外見には変化があったが、それらの変化は非常に遅く起こった。結局のところ、1万世紀は地質学的な時間においてほんの一瞬に過ぎない。さらに、現代の世界は、公衆衛生対策、犯罪率の減少、食事レベルの改善によって、いくつかの遺伝的な偶然を報酬とし、他を罰する必要がある環境的な変動を大幅に減少させた環境を作り出している。しかし、10万年後には、現在珍しい特徴を持つ人々が社会の支配的なグループになるだろうか？もしかすると。
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